Oikeusministeri Kari Häkämies teki päätöksen Ylitornion avovankilaosaston toiminnan aloittamisesta 02.10.1996 Rajavartiolaitoksen Ylitornion toimipisteen tyhjäksi jääneissä tiloissa 01.01.1997.

Ylitornion avovankilaosastolle saapuivat ensimmäiset vangit 18.04.1997, jolloin vankilatoiminta katsotaan virallisesti alkaneen.

Rajavartiolaitoksen aikaisen kasarmirakennuksen peruskorjaus- ja muutostyöt käynnistettiin heti rakennusmestarin johdolla. Kasarmirakennuksen peruskorjaustyöt suoritettiin kahdessa vaiheessa. Ensimmäinen vaihe valmistui 1.7.1998, jolloin valmistuivat hallinto- ja ruokailutilat. Toinen vaihe valmistui 3.11.2000, jolloin valmistuivat vankien asuintilat. Rajavartiolaitoksen entinen ase- ja ammusvarasto peruskorjattiin puutyötiloiksi sekä tehtiin alueverkoston ja lämpökeskuksen korjaustyöt. Työt aloitettiin toukokuussa 1999 ja se valmistui 18.11.1999.

Tuotannollista työtoimintaa aloitettiin rinnan rakentamisen kanssa. Keväällä 1998 aloitettiin pienimuotoisten metalli- ja puutuotteiden valmistus. Syksyllä 1998 osallistuttiin Desmond Nep-projektiin, jonka yhteydessä käynnistettiin kalusteiden korjaus- ja verhoilutyöt sekä keväällä 1999 turkisompelutyöt. Puusepäntuotanto saatiin käyntiin joulukuussa 1999, jolloin puutyötilat valmistuivat.

Rajavartiolaitoksen aikaisen Paja-varastorakennuksen peruskorjaustyöt aloitettiin sykysllä 2004 ja työt valmistuivat aikataulun mukaisesti vuoden päästä syksyllä 2005. Rakennukseen sijoitettiin metallityötilat, kalusteiden korjaus- ja entisöintitilat, vankien oman työn tilat, tuotteiden esittelytilat, henkilökunnan toimistotilat (ylityönjohtaja ja 3 työnjohtajaa) ja taukotilat sekä vankien tauko- ja sosiaalitilat.

Vankeinhoidon rakennusuudistuksessa 1.10.2006 Ylitornion avovankilaosasto muuttui itsenäiseksi avolaitokseksi ja nimi muutettiin Ylitornion vankilaksi.

Keskivankiluku on ollut seuraavanlainen (1997) 10, (1998) 13, (1999) 18, (2000) 23, (2001) 25, (2002) 27 ja (2003) 31, (2004) 31, (2005) 31, (2006) 40.